Truyện tranh "Sợi chỉ tình yêu của Itonaga" xoay quanh mối quan hệ phức tạp giữa anh công Takumi và thụ Yuto. Takumi, vốn là một học sinh cấp ba nổi tiếng với việc bắt nạt Yuto - một chàng trai nhút nhát và yếu đuối. Tuy nhiên, sau khi tình cờ gặp lại nhau sau nhiều năm, Takumi bắt đầu nhận ra rằng trái tim anh không thể rời xa Yuto.
Khi Takumi bắt đầu thay đổi, lòng tự trách của anh tràn ngập cảm xúc phức tạp. Từ việc trở thành người bảo vệ cho Yuto, Takumi bắt đầu tìm hiểu về quá khứ đau thương của cậu và nhận ra rằng sợi chỉ tình yêu của anh dành cho Yuto từ lâu đã hiện hữu.
Nhưng mọi chuyện không hề êm đềm khi quá khứ đen tối của họ bắt đầu trỗi dậy. Sự xuất hiện của một kẻ thù cũ, những âm mưu đen tối và những khó khăn không ngừng đặt ra thách thức cho tình yêu mong manh của Takumi và Yuto. Liệu họ có thể vượt qua mọi hiểm nguy, xóa tan mọi căm phẫn để tìm lại được hạnh phúc và sợi chỉ tình yêu đã mất từ lâu?