Truyện tranh Hatsune Mix kể về cuộc phiêu lưu vui nhộn của cô bé Hatsune, một học sinh trung học với sở thích ca hát và vẽ tranh. Một ngày nọ, cô tình cờ phát hiện ra một chiếc bút lạ trong hộp đồ cũ của mình. Khi vẽ bằng chiếc bút này, những hình vẽ của cô bắt đầu mở cánh cửa vào một thế giới kỳ bí.
Bằng cách nào đó, những nhân vật trong tranh của Hatsune bắt đầu cất tiếng nói và tương tác với cô. Họ tự do ra khỏi giấy và bắt đầu khám phá thế giới ngoài đời thực. Tuy nhiên, sự tự do này không phải lúc nào cũng mang lại niềm vui, khi mà những tình huống dở khóc dở cười liên tục diễn ra.
Hatsune và những người bạn mới phải đối mặt với nhiều thách thức và thử thách mới, từ việc giúp đỡ một nhân vật bị mắc kẹt trong cây bút đến việc ngăn chặn một thảm họa vũ trụ do một triều đại xa xôi gây ra. Sự kết hợp giữa thế giới thực và thế giới tranh vẽ mang lại cho câu chuyện sự phong phú và mới lạ, đồng thời tạo ra những tình tiết bất ngờ và hấp dẫn cho độc giả.