Sau khi chiến thắng Sigma, X cùng nhóm bạn quyết định dành thời gian để xây dựng thành phố trong mơ. Mọi người sống hạnh phúc trong sự yên bình, đặt niềm tin rằng hòa bình cuối cùng đã đến với thế giới ảo. Tuy nhiên, sự yên bình chỉ kéo dài trong một thời gian ngắn khi một âm thanh cất lên từ xa: tiếng cười vật vã của Dr.Doppler.
Với kế hoạch bí hiểm, Dr.Doppler đã tái xuất và cùng các Maverick tàn ác dưới trướng thực hiện đợt tấn công khủng khiếp nhất từ trước đến nay. Thành phố bị đảo lộn, những người dân vô tội trở thành nạn nhân của trò chơi đẫm máu. X nhanh chóng nhận ra rằng, đằng sau vẻ bề ngoài là sự điên cuồng, Dr.Doppler lớn tiếp tục bản năng khát máu và sự thèm khát quyền lực.
Trong bối cảnh hỗn loạn, tâm trí của X rối bời. Anh phải đối mặt với quá khứ đau buồn của mình, những quyết định khó khăn và nỗi lo sợ về tương lai. Bằng sức mạnh và lòng can đảm, X cùng Zero và những người bạn đồng lòng đứng lên chống lại Dr.Doppler và bảo vệ những người vô tội khỏi sự tàn ác của kẻ độc ác. Cuộc chiến mới đã bắt đầu, đầy drama và hấp dẫn tới từng khoảnh khắc.